1999-cu ilin iyun ayından NATO Kosovoda sülhməramlı missiyanı həyata keçirir. Humanitar fəlakətin qarşısını almaq və sülhün bərqərar edilməsi üçün NATO hərbi-hava kampaniyasını həyata keçirdi. Bu, beynəlxalq ictimaiyyətin Kosovo serb hərbçiləri ilə Kosovo albanları arasında bir ildir davam edən zorakılıq və hərbi əməllərə son qoymaq üçün son vasitə idi. Sözügedən kampaniyanın əsasını Slobodan Miloşeviçin BMT qətnamələrinə daim məhəl qoymaması təşkil edirdi. Bütün əlçatan diplomatik vasitələr tükəndikdən və sülh danışıqlarının uğursuzluğundan sonra Alyans Yuqoslaviya hökumətinin hərbi və hərbiləşdirilmiş strukturlarına qarşı hava yürüşləri endirmək qərarına gəldi. Hərbi hava əməliyyatı 1999-cu il martın 24-də başlayıb və 78 gün davam edib. 1999-cu il aprelin 23-də Vaşinqtonda NATO-ya üzv dövlətlərin və hökumətlərin başçıları Kosovo münaqişəsi ilə bağlı Alyansın məqsədlərini təsdiq etdilər: bölgədə hərbi əməliyyatların, zorakılığın və repressiyaların dayandırılması; Kosovo əyalətinin silahsızlaşdırılması; beynəlxalq hərbi/sülhməramlı missiyanın yaradılması; qaçqınların və məcburi köçkünlərin dərhal və təhlükəsiz Kosovodakı evlərinə qayıtması; qaçqınlara humanitar yardımın maneəsiz çatdırılması; siyasi sazişin hazırlanması; Kosovo ilə bağlı BMT-nin Xartiyasına və beynəlxalq hüquqa uyğun olaraq, 1999-cu ildə NATO ilə keçmiş Yuqoslaviya ordusunun komandanlığı arasında hərbi saziş imzalandıqdan sonra, 1999-cu ilin iyunun 12-də BMT-nin mandatı əsasında NATO-nun belə adlanan Kosovo Qüvvələri (Kosovo Force – KFOR) bölgəyə göndərildi. Onlara tapşırılmışdı: hərbi əməliyyatların yenilənməsinə yol verməmək; Kosovo Azadlıq Ordusunun tərksilah edilməsi; rekonstruksiya işləri; seçki proseslərinin və digər siyasi, iqtisadi, sosial aspektlərin inkişafına dəstək vermək; Birləşmiş Millətlər Təşkilatının Kosovodakı Missiyasının (United Nations Missiom in Kosovo –UNMIK) və digər beynəlxalq və qeyri-hökumət təşkilatlarının humanitar əməliyyatlarının dəstəkləndirilməsi. Sülhməramlı missiyanın əvvəlində 50 000 hərbi qulluqçu vahid komandanlıq və nəzarət altında Kosovo Qüvvələrinin tərkibinə birləşdirilib. Missiyaya həm NATO-ya üzv dövlətlərdən, həm də tərəfdaş ölkələrdən sülhməramlılar daxildir. 2003-cü ildə bölgədə təhlükəsizlik mühitinin yaxşılaşdırılması Alyansa sülhməramlı kontingentini təqribən 15 000 nəfərə qədər azaltmağa imkan verdi. 2008-ci ilin fevralın 17-də Kosovo hökuməti müstəqilliyini elan etdi. Bu fakt beynəlxalq siyasi meydanda dövlətlər arasında münasibətlərin gərginləşməsinə səbəb oldu. NATO-nun Kosovoda təhlükəsiz və dinc mühitin yaradılması üzrə məsuliyyəti dəyişməz qalıb, buna görə də NATO-nun Kosovodakı əməliyyatı bu gün də davam edir. Alyans Birləşmiş Millətlər Təşkilatının Missiyası (UNMIK) ilə sıx əməkdaşlıq edərək, etnik mənşəyindən asılı olmayaraq bütün vətəndaşların birlikdə dinc yaşaya biləcəyi daha təhlükəsiz mühitin yaradılmasına dəstək verir.