2001 թվականի սեպտեմբերի 11-ին ահաբեկիչները ինքնաթիռներն օգտագործեցին որպես զանգվածային ոչնչացման զենք ԱՄՆ-ում տեղակայված թիրախների դեմ։ Հաջորդ օրը՝ սեպտեմբերի 12-ին, Դաշինքի պատմության մեջ առաջին անգամ դաշնակիցները գործարկեցին Վաշինգտոնի պայմանագրի 5-րդ հոդվածը (ՆԱՏՕ-ի Հավաքական պաշտպանության հոդվածը), հաստատելով, որ ՆԱՏՕ-ի մեկ անդամի վրա հարձակումը հարձակում է Դաշինքի բոլոր անդամների վրա։ Դաշինքը համապատասխան միջոցներ է ձեռնարկել Ամերիկայի Միացյալ Նահանգներին աջակցելու համար։ Նա օպերատիվ կերպով նավեր է տեղակայել Միջերկրական ծովի արևելյան մասում՝ համակարգելու և հայտնաբերելու ահաբեկչական գործունեության մեջ կասկածվող նավերը: Այս տարածաշրջանում նավերի տեղակայումը և դրանց պարեկավորումը տեղի է ունենում Ակտիվ ջանքերի գործողության (Active Endeavor) անվան տակ, որն այսօր ընդգրկում է ողջ Միջերկրական ծովի տարածաշրջանը: Հյուսիսատլանտյան դաշինքի պատմության մեջ կազմակերպության առաքելությունը Աֆղանստանում ամենամեծ ռազմական գործողությունն էր Եվրատլանտյան տարածքից դուրս: 2001 թվականի դեկտեմբերին Աֆղանստանի  ահաբեկչական «Ալ-Ղաիդա» և «Թալիբան» խմբավորումների ջախջախումից հետո աֆղանական ընդդիմության առաջնորդները Բոննում (Գերմանիա) համաժողով են անցկացրել, որտեղ քննարկել են երկրի վերակառուցման և ապագա զարգացման գործընթացը: Որոշվել է ձևավորել նոր պետական ​​կառույց՝ Աֆղանստանի ժամանակավոր կառավարություն և ստեղծել Անվտանգության աջակցության միջազգային ուժեր (International Security As- sistance Force – ISAF)՝ երկրում անվտանգությունն ապահովելու համար։

2002 թվականի հունվարին Աֆղանստանի ժամանակավոր կառավարությունը և Միջազգային անվտանգության աջակցության ուժերի հրամանատարությունը ստորագրեցին Ռազմատեխնիկական համաձայնագիր (Military Technical Agreement), որը սահմանեց ISAF-ի խնդիրները։ Սկզբում ISAF-ի առաքելությունը ղեկավարվում էր առանձին երկրների կողմից վեցամսյա ժամկետով և պատասխանատու էր գործողությունների համար: 2003 թվականի օգոստոսից Անվտանգության աջակցության միջազգային ուժերի ամբողջական ղեկավարությունը փոխանցվել է ՆԱՏՕ-ին: ISAF-ը հանդիսանում էր ՄԱԿ-ի մանդատով գործող միջազգային ուժ, որը համախմբում էր 51 երկրների զինվորականների: Առաքելության նպատակն էր աջակցել Աֆղանստանի կառավարությանը՝ ստեղծելու անվտանգ միջավայր, որը կնպաստի երկրի զարգացմանը։ ISAF-ի սկզբնական մանդատը սահմանափակված էր Քաբուլով (Աֆղանստանի մայրաքաղաք) և նրա շրջակայքով, իսկ 2003 թվականի հոկտեմբերից առաքելությունն ընդլայնվել է՝ ընդգրկելով Աֆղանստանի ողջ տարածքը։ Գործողության ընդլայնմանը զուգընթաց, միջազգային անվտանգության ուժերը հզորացնելու նպատակով, ՆԱՏՕ-ն ստեղծեց ISAF-ի հրամանատարությանը ենթակա քաղաքացիական-զինվորական նահանգային վերակառուցման թիմեր (Provincial Reconstruction Teams – PRT): Սրանք քաղաքացիական և զինվորական անձնակազմից կազմված խմբեր էին, որոնք գործում էին Աֆղանստանի նահանգներում և օգնում էին երկրի իշխանություններին ամրապնդել իրենց իշխանությունն ու անվտանգությունը Աֆղանստանի շրջաններում։ Նրանք պաշտպանում էին երկրի տարածքում գործող միջազգային և հասարակական կազմակերպությունների անվտանգությունը, մասնակցելում էին դպրոցների, բուժհաստատությունների և ջրային համակարգերի վերականգնման աշխատանքներին, աջակցում էին քաղաքացիական և ռազմական նախագծերի իրականացմանը։

Աֆղանստանում ՆԱՏՕ-ի առաքելությունը, որը տևել է 13 տարի, պաշտոնապես ավարտվել է 2014 թվականի դեկտեմբերի 28-ին։ Աֆղանստանը ժամանակի ընթացքում ցույց տվեց, որ կարող է ռազմական գործողություններ իրականացնել սեփական ինքնապաշտպանական ուժերով՝ առանց ISAF-ի առաքելության զինված ​​ուժերի օգնության։

2015 թվականի հունվարի 1-ից Աֆղանստանի Իսլամական Հանրապետությունում ընթանում է ՆԱՏՕ-ի «Վճռական աջակցության առաքելությունը» (Resolute Support Mission – RSM), որի նպատակն էր նպաստել Աֆղանստանի ազգային անվտանգության ուժերի հզորացմանը, որպեսզի Աֆղանստանն ինքը կարողանա լիովին և արդյունավետ կերպով վերահսկել իրավիճակն իր տարածքում:

2021 թվականի ապրիլին ՆԱՏՕ-ն որոշեց ավարտել առաքելությունը Աֆղանստանում։ Աֆղանստանում 20-ամյա առաքելությունը ամերիկյան պատմության մեջ ամենաերկար ռազմական գործողությունն էր։ Այս որոշմամբ Ամերիկայի Միացյալ Նահանգները փոխում է տարածաշրջանում ահաբեկչության դեմ պայքարի գոյություն ունեցած մարտավարությունը, ինչը ենթադրում էր տեղում ակտիվ ռազմական գործողությունների ավարտ։ Դրա փոխարեն հակաահաբեկչական գործողություններ կիրականացվեն տարածաշրջանում ԱՄՆ ռազմակայաններից կարճաժամկետ կետային հարվածների միջոցով: