ყოფილი იუგოსლავიის სოციალისტურ-ფედერალური რესპუბლიკის დაშლის შემდეგ ნატო გადამწყვეტ როლს ასრულებს ბალკანეთში მიმდინარე პოზიტიურ ცვლილებათა პროცესში. 1992-1995 წლების განმავლობაში ნატო აქტიურად უჭერდა მხარს ბოსნია-ჰერცეგოვინაში მიმდინარე საომარი მოქმედებების შესაჩერებლად გაეროს ძალისხმევას რეზოლუციებისა და დიპლომატიური მოლაპარაკებების მეშვეობით. გაეროს მხრიდან ყველა მცდელობა, რეგიონში მშვიდობიანი გზით შეეჩერებინა ძალადობა, ამაო აღმოჩნდა. 1995 წლის 30 აგვისტოს ნატო-ს თვითმფრინავებმა საჰაერო იერიში მიიტანეს ბოსნია-ჰერცეგოვინაში სერბთა სამხედრო ფორმირებების პოზიციებზე. საჰაერო ოპერაცია იმავე წლის 15 სექტემბრამდე გაგრძელდა. დიპლომატიურმა ძალისხმევამ და საჰაერო ოპერაციის წარმატებამ ხელი შეუწყო ბოსნია-ჰერცეგოვინაში საომარი მოქმედებების შეწყვეტას და ნიადაგი მოამზადა ქალაქ დეიტონში (აშშ) დაპირისპირებული მხარეების წარმატებული მოლაპარაკებისათვის, რომელიც დეიტონის სამშვიდობო შეთანხმებით (Dayton Peace Accord) დასრულდა. 1995 წლის 16 დეკემბერს ალიანსმა მიღწეული სამშვიდობო შეთანხმების განხორციელების პროცესზე დაკვირვების მიზნით, ბოსნია-ჰერცეგოვინაში ერთი წლით გაეროს მანდატის მქონე საერთაშორისო ძალები (საიმპლემენტაციო ძალები/Implementation Force – IFOR) განათავსა. მათ ცეცხლის შეწყვეტის რეჟიმის უზრუნველყოფა, ახლად შექმნილი ადმინისტრაციული ერთეულების (ბოსნიის ფედერაციისა და სერბთა რესპუბლიკის) შეიარაღებული ძალების დაშორი შორება და სამხედრო საწყობებზე კონტროლი დაევალათ. საიმპლემენტაციო ძალებმა დიდი წვლილი შეიტანა ბოსნია-ჰერცეგოვინაში სამოქალაქო აეროპორტების გახ სნაში, მოსახლეობისათვის წყლის, გაზისა და ელექტროენერგიის მიწოდების განახლებაში. დასახული ამოცანების შესრულების შემდეგ, 1996 წლის დეკემბერში საიმპლემენტაციო ძალებს ნატო-ს სტაბილიზაციის ძალები (Stabilization Force – SFOR) ჩაენაცვლა. რეგიონში უსაფრთხოებისა და მშვიდობის დამყარების გარდა, სტაბილიზაციის ძალებმა დეიტონის სამშვიდობო ხელშეკრულების სამოქალაქო ასპექტების ხელშეწყობა იტვირთა. კერძოდ, ბოსნია-ჰერცეგოვინაში ახალი საერთო სახელისუფლებო ორგანოების ჩამოყალიბების, სხვადასხვა სფეროში რეფორმების, დემოკრატიული ინსტიტუტების განვითარების, ლტოლვილებისა და იძულებით გადაადგილებულთა სახლებში დაბრუნების ხელშეწყობა. ასევე, სტაბილიზაციის ძალებს დაევალა, სამხედრო დანაშაულში ბრალდებულთა დაკავება და ყოფილ იუგოსლავიაში საერთაშორისო სისხლის სამართლის ჰააგის ტრიბუნალისთვის (International Criminal Tribunal for the Former Yugoslavia) გადაცემა. ბოსნია-ჰერცეგოვინაში უსაფრთხოებისა და სტაბილური გარემოს აღდგენის შემდეგ ნატო-ს სამშვიდობო მისიის პირადი შემადგენლობა თანდათანობით შემცირდა, ვიდრე 2004 წლის ბოლოს სტაბილიზაციის ძალებმა მისია არ დაასრულა. 2004 წლის 2 დეკემბერს ძირითადი პასუხისმგებლობა მშვიდობის შესანარჩუნებლად ევროკავშირის (European Union) სამხედრო მისიამ – ალთეამ (Althea) აიღო. ბოსნია-ჰერცეგოვინაში გარდამავალი დემოკრატიული პროცესების მხარდაჭერისა და ევროკავშირთან მჭიდრო კოორდინაციის მიზნით, ნატომ სარაევოში (ბოსნია-ჰერცეგოვინის დედაქალაქი) თავისი წარმომადგენლობის (ნატო-ს შტაბი სარაევოში) სახით ქვეყანაში ყოფნა შეინარჩუნა. სარაევოში ნატო-ს შტაბის წარმომადგენლები ხელს უწყობენ ბოსნია-ჰერცეგოვინის მთავრობას რეფორმების გატარებაში ქვეყნის სამხედრო და უსაფრთხოების სფეროში. ამჟამად ბოსნია-ჰერცეგოვინა ახორციელებს გაწევრიანების სამოქმედო გეგმას და ნატო-ს ერთ-ერთი ასპირანტი ქვეყანაა.