1999 წლის ივნისიდან ნატო ახორციელებს სამშვიდობო მისიას კოსოვოში. ჰუმანიტარული კატასტროფის აღსაკვეთად და მშვიდობის დასამყარებლად ნატომ სამხედრო-საჰაერო კამპანია განახორციელა. ეს იყო საერთაშორისო თანამეგობრობის მხრიდან კოსოვოში სერბ სამხედროებსა და კოსოვოელ ალბანელებს შორის ერთწლიანი ძალადობისა და საომარი მოქმედებების შეწყვეტის უკანასკნელი საშუალება. აღნიშნული კამპანიის საფუძველი სლობოდან მილოშევიჩის მხრიდან გაეროს რეზოლუციების მუდმივი უგულებელყოფა გახლდათ. ყველა ხელმისაწვდომი დიპლომატიური საშუალების ამოწურვისა და სამშვიდობო მოლაპარაკებათა წარუმატებლობის შემდეგ ალიანსმა იუგოსლავიის ხელისუფლების სამხედრო და გასამხედროებული სტრუქტურების წინააღმდეგ საჰაერო იერიშების დაწყებაგადაწყვიტა. სამხედრო საჰაერო კამპანია 1999 წლის 24 მარტს დაიწყო და 78 დღეს გაგრძელდა. 1999 წლის 23 აპრილს ვაშინგტონში ნატო-ს წევრ სახელმწიფოთა და მთავრობათა მეთაურებმა კოსოვოს კონფლიქტთან მიმართებაში ალიანსის მიზნები დაამტკიცეს: საომარი მოქმედებების, ძალადობისა და რეპრესიების შეჩერება რეგიონში; კოსოვოს პროვინციის დემილიტარიზაცია; საერთაშორისო სამხედრო/სამშვიდობო მისიის ჩამოყალიბება; კოსოვოში ლტოლვილთა და იძულებით გადაადგილებული პირების დაუყოვნებლივი და უსაფრთხო დაბრუნება სახლებში; ჰუმანიტარული დახმარების დაუბრკოლებელი მიწოდება ლტოლვილთათვის; პოლიტიკური შეთანხმების შემუშავება; კოსოვოსთან დაკავშირებით გაეროს ქარტიისა და საერთაშორისო სამართლის შესაბამისად 1999 წ. ნატო-სა და ყოფილი იუგოსლავიის არმიის სარდლობას შორის სამხედრო შეთანხმების ხელმოწერის შემდეგ, 1999 წლის 12 ივნისს, გაეროს მანდატის საფუძველზე, ნატომ რეგიონში ე.წ. კოსოვოს ძალები (Kosovo Force – KFOR) გაგზავნა. მათ დაევალათ: საომარი მოქმედებების განახლების დაუშვებლობა; კოსოვოს გამათავისუფლებელი არმიის განიარაღება; სარეკონსტრუქციო სამუშაოები; საარჩევნო პროცესებისა და სხვა პოლიტიკური, ეკონომიკური, სოციალური ასპექტების განვითარების ხელშეწყობა; კოსოვოში გაეროს მისიისა (United Nations Missiom in Kosovo –UNMIK) და სხვა საერთაშორისო და არასამთავრობო ორგანიზაციების ჰუმანიტარული ოპერაციების მხარდაჭერა. სამშვიდობო მისიის დასაწყისში ერთიანი სარდლობისა და კონტროლის ქვეშ მყოფი კოსოვოს ძალების შემადგენლობაში 50 000 სამხედრო მოსამსახურე გაერთიანდა. მისია მოიცავს როგორც ჩრდილოატლანტიკური ორგანიზაციის წევრი-სახელმწიფოების, ასევე პარტნიორი ქვეყნების მშვიდობისმყოფელებს. 2003 წელს რეგიონში უსაფრთხოების გარემოს გაუმჯობესებამ ალიანსს საშუალება მისცა, სამშვიდობო კონტინგენტი დაახლოებით 15 000 კაცამდე შეემცირებინა. 2008 წლის 17 თებერვალს კოსოვოს მთავრობამ დამოუკიდებლობა გამოაცხადა. ამ ფაქტს საერთაშორისო პოლიტიკურ ასპარეზზე სახელმწიფოებს შორის ურთიერთობების დაძაბვა მოჰყვა. ნატო-ს პასუხისმგებლობა, კოსოვოში განევითარებინა უსაფრთხო და მშვიდობიანი გარემო, დარჩა უცვლელი, ამიტომ ნატო-ს ოპერაცია კოსოვოში ამჟამადაც გრძელდება. ალიანსი გაეროს მისიასთან (UNMIK) მჭიდრო თანამშრომლობით ხელს უწყობს უფრო უსაფრთხო გარემოს ჩამოყალიბებას, რომელშიც ყველა მოქალაქეს, მიუხედავად ეთნიკური წარმომავლობისა, მშვიდობიანი თანაცხოვრება შეეძლება.