მაკედონიის რესპუბლიკის მთავრობის თხოვნის საფუძველზე, თავიდან აეცილებინა სკოპიეს (მაკედონიის დედაქალაქი) მთავრობასა და ეთნიკურ ალბანელ მეამბოხეებს შორის კონფლიქტის ესკალაცია, ნატო მონაწილეობდა რეგიონში მიმდინარე პროცესებში. 2001 წლის ივნისში მაკედონიის რესპუბლიკის პრეზიდენტმა, ბორის ტროიკოვსკიმ თხოვნით მიმართა ნატო აღმოეჩინა დახმარება ქვეყნის ტერიტორიაზე ეროვნულ გამათავისუფლებელი არმიისა და ეთნიკურ ალბანელთა მეამბოხე ჯგუფების განიარაღების პროცესში. ნატო-ს ძალისხმევის შედეგად დაპირისპირებულ მხარეებს შორის პოლიტიკური დიალოგი შედგა, რომელსაც სამშვიდობო ჩარჩო-გეგმის შემუშავება და რეგიონში საომარი მოქმედებების შეწყვეტა მოჰყვა. ოჰრიდის ჩარჩო ხელშეკრულების (Ohrid Framework Agreement) საფუძველზე, 2001 წლის 27 აგვისტოს ოპერაციის, კოდური სახელწოდებით მთავარი მოსავალი (Operation Essential Harvest), ფარგლებში ნატომ მაკედონიაში სამხედრო მოსამსახურეთა პერსონალი შეიყვანა. ნატო-ს მისიას ეროვნულ-გამათავისუფლებელი არმიის ჯარისკაცების მიერ ნებაყოფლობით ჩაბარებული იარაღის შეგროვება და განადგურება დაევალა. ოცდაათდღიანი ოპერაციის შედეგად ნატო-ს სამხედრო მოსამსახურეებმა დიდი რაოდენობის იარაღი და სხვადასხვა ფეთქებადი ნივთიერება ამოიღეს, რამაც ხელი შეუწყო სამოქალაქო კონფლიქტის ესკალაციის თავიდან აცილებას. მოგვიანებით, სკოპიეს მთავრობამ თხოვნით მიმართა ნატო-ს, მაკედონიის რესპუბლიკაში დესტაბილიზაციის თავიდან აცილების, ევროკავშირისა და ეუთოს დამკვირვებელთა უსაფრთხოების უზრუნველყოფის მიზნით, შეენარჩუნებინათ მცირერიცხოვანი სამხედრო კონტინგენტი. 2003 წლის მარტიდან ნატო-ს მისია მაკედონიაში ევროკავშირს (EU) გადაებარა.